现有诉讼程序中的补充侦查、强制医疗、违法所得没收程序并不能完全填补废除审查起诉阶段中止审查制度留下的空白，实践中仍有不少情形亟须恢复设立中止审查制度。
2012年刑事诉讼法颁布后，最高人民检察院《人民检察院刑事诉讼规则(试行)》(下称《规则》)没有保留之前实行的《人民检察院刑事诉讼规则》中关于审查起诉阶段中止审查的相关规定。但现有诉讼程序中的补充侦查、强制医疗、违法所得没收程序并不能完全填补废除审查起诉阶段中止审查制度留下的空白，实践中仍有不少情形亟须恢复设立中止审查制度。
最高人民检察院决定废除审查起诉阶段中止侦查和中止审查的规定，主要基于以下几点:一是司法解释不应该突破法律规定，因为刑事诉讼法没有相关规定。二是中止侦查和中止审查制度执行过程中产生了一些负面问题。如因疾病丧失诉讼行为能力的确定标准、认定程序不明确，认定一名犯罪嫌疑人没有诉讼行为能力是否必须进行鉴定，凭医院的诊断证明能否直接认定，由哪级鉴定机构或医疗机构进行认定等，这些都没有明确规定，导致实践中标准不一。而且案件中止后如何监控，由谁监控也没有明确规定，部分犯罪嫌疑人由于侦查机关、检察机关的疏于管控，导致有些案件长期搁置，久拖不决。三是刑事诉讼法中的强制医疗程序、违法所得没收程序可以对中止审查制度的废止进行一定程度的补救。
笔者认为，审查起诉阶段中止审查制度废除后，公诉部门一般会采取以下几种应对措施:一是拒绝受理案件。根据《规则》第153条的规定，检察机关案件管理部门在审查侦查机关移送案件时可以对犯罪嫌疑人不在案的案件拒绝受理，但该条并未将犯罪嫌疑人有无诉讼行为能力列入受案审查范围，换言之，对此类案件检察机关无权不予受理。二是将案件退回公安机关补充侦查。实践中，办案部门通常会对犯罪嫌疑人脱逃和无诉讼行为能力的案件退回侦查机关补充侦查，但根据《规则》第380条的规定，检察机关认为犯罪事实不清、证据不足或者遗漏罪行、遗漏同案犯罪嫌疑人等情形可以将案件退回侦查机关补充侦查，显然上述情形均不是法定的退查理由。三是建议公安机关撤回。根据刑事诉讼法的规定，检察机关对审查起诉的案件只能作出提起公诉或不起诉决定。而现实中确实有部分案件通过协调侦查机关撤回的，但该做法没有法律依据，并且实施过程中容易产生一系列的衍生问题，如被害人权利的救济问题、侦查机关拒绝撤回等问题。
通过上述分析不难发现，审查起诉阶段中止审查制度有其存在的必要性，但现有规定的不完善会导致此类案件的各种处理会产生不同程度的违法问题，故笔者提出以下建议:
一是建议由全国人大通过修订刑事诉讼法或者其他方式对刑事诉讼行为能力问题进行立法规范，建立规范的刑事诉讼行为能力评估制度，在此基础上设立刑事诉讼中止制度。
二是建议最高人民检察院修订《规则》时，在取得全国人大授权的情况下，恢复审查起诉阶段中止审查制度，解决此类案件办理的难题。
三是建议在恢复设立审查起诉阶段中止审查制度时对程序的启动、决定、监督进行同步规定，明确无刑事诉讼行为能力的确定标准和确定程序。中止审查制度的设立事实上对当事人的权利造成一定侵害，特别是对被害人的影响尤其显著。因此，笔者建议，同步建立救济措施，如赋予当事人复议权，规定被害人可以在刑事案件中止审查的情况下，通过民事渠道进行救济，对先刑后民原则进行例外解释，通过一系列的配套措施来保障审查起诉阶段中止审查制度依法执行。